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主要从事真菌的系统分类、种群多样性、遗传演化、真菌资源、寄主与病原的相互作用、卵菌功能基因组学研究等。近年来取得以下主要研究进展：①系统开展了链格孢、蠕形菌、毛壳菌等类群真菌系统分类研究，完成了《中国真菌志（第十六卷）链格孢属》和《中国真菌志－蠕形分生孢子真菌》。《中国真菌志－链格孢属》为国际上第一部链格孢属专著；《中国真菌志-蠕形分生孢子真菌》书稿通过专家的审查，并已获得出版基金，目前正在出版中。这两部著作的完成和出版，标志着我国在链格孢属和蠕形菌的分类研究已经走在世界前列。②系统开展了我国毛壳菌科真菌资源和分类研究，发现新种1个，国内新记录属1个，国内新记录种20余个；利用Brn1基因的核苷酸序列分析了弯孢属膝曲群相似种间的遗传关系，结束了一百多年来对该群种间界定的争议。③利用核苷酸序列分析了我国西苹果煤污病菌的多样性，发现病原菌种类复杂、具有高度多样性。根据我国苹果煤污病菌的“多病原性”，设计了该类群的特异性引物，发现了20种病原菌的特异性RFLP酶谱。④系统开展了中国落叶松-杨栅锈菌生理小种分化，首次提出将我国杨栅锈菌划分为5个生理小种，建立了生理小种区分的鉴别寄主体系，并通过遗传学分析表明该种遗传种类与生理小种之间没有相关性；开展了秦岭大型真菌，特别是多孔菌的资源调查及生态学研究。⑤研究了卵菌与寄主和非寄主植物互作、卵菌的阶段发育以及卵菌的致病功能基因组学；首次克隆到卵菌的无毒基因（大豆疫霉菌的Avr1b基因），揭示了可能是卵菌类植物病原菌独特的遗传变异机制-基因转变（gene
conversion）；建立了疫霉菌高效、稳定的遗传转化方法；建立了一个高质量的烟草疫霉菌的大片段基因组文库，并确定了其基因组大小；鉴定了一批病菌无性发育阶段特异表达的基因并对部分基因进行了初步的功能分析。 |
